Лапутин Сергей Яковлевич родился 8 марта в городе Ряжск ныне Рязанской области. Член ВКП(б) с 1937 года. Работал на трикотажной фабрике в Москве.
В армии с 1933 года. В 1936 году окончил экстерном Орловскую бронетанковую школу. С 1936 года — слушатель Военной академии механизации и моторизации РККА.
Участвовал в боевых действиях в Испании с июля 1937 по август 1938 в должности командира танкового взвода. В бою у населённого пункта Фуэнтес-де-Эбро его танк был подбит и окружён противником. В течение суток отстреливался из горящего танка. Когда закончились боеприпасы, сумел с экипажем вырваться из окружения.
За мужество и героизм, проявленные при выполнении воинского долга, лейтенанту Лапутину Сергею Яковлевичу 14 марта 1938 года присвоено звание Героя Советского Союза.
В 1941 году окончил Военную академию бронетанковых и механизированных войск.
Участвовал в Великой Отечественной войне; был командиром танкового батальона, полка. Попав в окружение, командовал партизанским отрядом. В апреле 1942 - феврале 1943 — начальник штаба партизанских отрядов Северного боевого участка брянских партизан.
В 1951 году окончил Военную академю Генштаба. Служил в центральном аппарате Министерства обороны. С 1960 года полковник С. Я. Лапутин — в запасе.
Жил в Москве. Умер 1 апреля 1985 года. Похоронен на Николо-Архангельском кладбище в Москве.