2003-2016 гг. - начальник ФСО по Северо-Кавказскому федеральному округу,
В 2003 году получил звание генерал-майора и встречался с губернатором Краснодарского края Александром Ткачевым, который поздравил его с присвоением звания[4].
25 ноября 2016 года задержан в Сочи по обвинению во взяточничестве. Сообщалось, что в его квартире был найден миллиард рублей наличными, а дело связано с выделением земельных участков для возведения олимпийских объектов.
В ноябре 2017 года Знаменский гарнизонный военный суд приговорил Лопырева к 10 годам колонии и штрафу в размере 150 млн рублей, признав виновным в получении взятки на общую сумму в 6 миллионов рублей и незаконном хранении патронов. Суд сохранил Лопырёву генеральское звание и не стал лишать его государственных наград