С 1933 года работал работал в Рязанском областном краеведческом музее. В 1937 годубыл арестован и провёл десять лет в магаданских лагерях, работал на золотых приисках Колымы. В 1947 году вернулся в Рязань, но через два года был вновь арестован и получил административную ссылку в Красноярский край, где работал в геологических партиях чертёжником.
После реабилитации поступил на работу в Институт археологии Академии наук СССР на должность старшего лаборанта.
Умер 25 января 1995 года в Москве.
Доктор искусствоведения (1968), представил к защите кандидатскую диссертацию, но ему в особом порядке (вследствие исключительной значимости научных трудов) была присуждена степень .
Золотая медаль Академии художеств СССР (1980)
Государственная премия СССР (1983).
Почётный гражданин Рязани (1992)
Память:
Имя Вагнера в 1998 году присвоено Рязанскому художественном училищу,
