Пётр Спиридонович Агафошин родился 17 декабря 1874 года в селе Пирогово Спасского района Рязанской области в крестьянской семье. Как и отец занимался игрой на "русской" семиструнной гитаре. Переехав в Москву самостоятельно совершенствовал игру на семиструнной гитаре.
В 1898-1908 годах — солист и концертмейстер Московского общества мандолинистов и гитаристов. С 1912 года — гитарист Малого театра. Участвовал как исполнитель во многих концертах. Аккомпанировал таким известным певцам, как Ф.Шаляпин, Д. Смирнов, Т. Руффо. Позже был приглашён участвовать в опере Ж. Массне "Дон Кихот" в Большом театре в 1916 году, где он аккомпанировал Шаляпину. Значительную роль в художественном развитии Агафошина сыграла его дружба с известными художниками В. Суриковым и Д. Мартэном, которые также разделяли его интерес к гитаре.
В 1927 году Агафошин играл Сеговии в мастерской художника Кончаловского. Вспоминая об этой встрече, Кончаловский писал, что Сеговия назвал Агафошина "лучшим московским гитаристом".
П. С. Агафошин более 40 лет проработал артистом оркестра в Государственном малом театре. В 1930—1950 годах вел курс гитары в Музыкальном училище имени Октябрськой Революции и Московской государственной консерватории. Многие известные советские гитаристы были его учениками. Среди них — А.Иванов-Крамской, Е. Русанов, И. Кузнецов, Е. Макеева, Ю. Михеев, А. Кабанихин, А. Лобиков и другие.
П. С. Агафошину принадлежит книга "Новое о гитаре: Гитара и её деятели по новейшим данным" (1928) написанная под впечатлением от знакомства с искусством А. Сеговии. Следует также отметить написанную Агафошиным первую в стране полноценную "Школу игры на шестиструнной гитаре" (1934), в основу которой легли семинары А. Сеговии.
Автор первой, вышедшей в СССР, "Школы игры на шестиструнной гитаре" (1934).
За вклад в развитие культуры игры на гитаре, подготовку кадров профессиональных гитаристов, исполнителей и педагогов был награжден орденом "Знак почёта".
Умер 1 июля 1950 года в Москве.