После этого на должностях от комвзвода до командира парашютно-десантного батальона, был старшим офицером в штабе воинской части. Служил в 104-1 гвардейской воздушно-десантной дивизии (Гянджа, с 1993 полк передислоцирован в Ульяновск).
Андрей Бочаров участвовал в первой чеченской компании. В марте 1995 года руководил разведротой, в ходе чего захватил вместе со своей ротой узел обороны боевиков на господствующей высоте в районе села Комсомольского, где находились до 40 боевиков. В ходе захвата высоты 16 человек из разведроты Бочарова уничтожили 16 боевиков и захватили троих в плен. Попытки боевиков отбить высоту были отражены со значительным уроном для нападавших. В ходе отражения последней атаки Бочаров вызвал на себя огонь артиллерии. В результате боестолкновения разведгруппа Бочарова не имела погибших и раненых, а удержанная ими высота стала плацдармом для дальнейшего наступления российских войск.
20 июля 1996 года указом Президента России Бориса Ельцина было присвоено звание Героя Российской Федерации "за умелое руководство боевыми действиями полка, мужество и героизм, проявленные при исполнении воинского долга в Северо-Кавказском регионе"
С декабря 1998 года — председатель Совета Союза Героев России.
С января 2005 года — заместитель губернатора Брянской области — постоянный представитель Администрации Брянской области при Правительстве РФ.
Декабрь 2007 г. - избран депутатом Государственной Думы России V созыва. Член фракции "Единая Россия",
Декабрь 20011 г. - избран депутатом Государственной Думы России VI созыва. Член фракции "Единая Россия",
2012 г. - добровольно сложил депутатские полномочия
С октября 2012 по август 2013 года — Главный федеральный инспектор в Брянской области.
C августа 2013 года — Руководитель исполкома федерального штаба ОНФ.
2 апреля 2014 года Указом Президента назначен исполняющим обязанности губернатора Волгоградской области.
По результатам единого дня голосования 14 сентября 2014 год набрал 88,49 % голосов. Вступил в должность 24 сентября 2014 года.
В Единый день голосования 8 сентября 2019 года в первом туре выборов Губернатора Волгоградской области одержал победу: за него отдали голос 76,81 %
Государственные награды:
Медаль "Золотая Звезда" Героя Российской Федерации (1996)
Орден "За заслуги перед Отечеством" IV степени (2023 год)
орден Дружбы (2019) — за достигнутые трудовые успехи, многолетнюю добросовестную работу и большой вклад и проведение чемпионата мира по футболу 2018 года
медаль "За отличие в воинской службе" II степени
медаль "70 лет Вооружённых Сил СССР" (1988 )
благодарность Президента Российской Федерации (2012)
Ведомственные награды:
медали "За отличие в военной службе" III и II степеней (1997, 2002 гг., Минобороны России);
медаль "За возвращение Крыма" (июнь 2014 года, Минобороны России) — за содействие в решении задач, возложенных на Вооружённые Силы Российской Федерации
медаль "За содействие" (декабрь 2017 года, Следственный комитет России) — за содействие деятельности Следственного комитета Российской Федерации
медаль "150 лет основания института судебных приставов" (2015)
Награды Русской Православной Церкви:
орден Святого благоверного князя Даниила Московского II степени (сентябрь 2021 года) — за труды по воссозданию собора Святого Александра Невского в Царицыне
