Филипп Фёдорович Махонин родился 2 марта 1929 г. в деревне Спасск Шацкого района Рязанской области в крестьянской семье. Русский
Пять первых лет свой жизни он прожил в деревне
В начале 1930-х гг. семья Махониных переехала в Душанбе, Таджикистан
С началом Великой Отечественной войны в Душанбе стали эвакуировать предприятия, организации и учреждения из европейской части страны. Среди эвакуированных было много представителей творческой интеллигенции. Стали возникать театральные студии; приехавшие художники организовали художественную студию для студентов и школьников. В ней Махонин и получил первые уроки рисунка и живописи.
После войны художественную студию преобразовали в художественное училище. Здесь проводились ежедневные занятия по рисунку и живописи, но общеобразовательных дисциплин не было, поэтому среднее образование приходилось получать в вечерней школе рабочей молодежи, где давались знания за 8-й, 9-й и 10-й классы.
1948 г. - окончил среднюю школу.
1948 г. - поступил на графический факультет Вильнюсского художественного института.
1949 г. - перевёлся на графический факультет Ленинградского института живописи, скульптуры и архитектуры им. И. Е. Репина, также он обучался в мастерской под руководством А. Ф. Пахомова.
В 1955 г. Махонин на отлично защитил диплом; по окончании с присвоением квалификации "художник-график". Дипломной работой стали иллюстрации к повести В. П. Некрасова "В окопах Сталинграда".
После окончания института молодой художник часто выступал в качестве оформителя и иллюстратора книг, выходивших в ленинградском и московском отделениях издательства "Детская литература"; в течение ряда лет было издано около 40 книг с рисунками Махонина. Работа была творческой и необычайно интересной. Художник стремился сделать каждую книгу индивидуальной, неповторимой, особенной, ведь и дети, и взрослые всегда с большим интересом рассматривают иллюстрации, иногда в ущерб чтению, подмечая какие-то незначительные их элементы
Махонин и сам выступил в качестве автора книги. Это произошло в результате неоднократных поездок в Таджикистан на "Всесоюзную ударную комсомольскую стройку", которой было объявлено в 1961 г. строительство Нурекской ГЭС на р. Вахш. Высота плотины станции, составляющая 304 м, делает ее самой высокой плотиной в мире. Восхищенный громадной стройкой, находясь под неизгладимым впечатлением от увиденного, художник взялся за перо и для детей среднего и старшего школьного возраста создал книгу "Звезда Востока", которая в 1985 г. вышла в Душанбе тиражом 7 000 экземпляров.
Кроме книжной графики Махонин работал и в области станковой графики. Первой его работой в этом роде графики, выполненной в 1956–1958 гг., стал цикл рисунков (размером 40х60 см) на сюжеты песен Великой Отечественной войны под общим названием "В дни войны". В него вошли такие произведения, как "Вьется в тесной печурке огонь", "Темная ночь" и другие. Картины стали продолжением тематических работ художника о войне.
Позже последовал триптих "Сталинградцы", где Филипп Федорович помимо черного использовал и красный свет, применив его для написания текста по краю боковых гравюр. На центральном листе под названием "За Волгой для нас земли нет!" изображены бойцы в окопе на фоне испещренной пулями стены. Два боковых листа называются "Клятва перед знаменем" и "Каждый дом – крепость". В 1967–1968 гг. Махонин выполнил серию под названием "Они шли на Восток…", состоящую из восьми гравюр о войне, среди которых "На чужой земле", "Поджигатели", "Катюша" и, наконец, "Берлин. Май 1945 года", на которой изображена улица с белыми флагами в окнах полуразрушенных домов. Стихотворение Е.А. Евтушенко "Хотят ли русские войны?", ставшее в последующем широко известной песней, вдохновило художника на выполнение гравюры под аналогичным названием.
Графические работы художника неоднократно воспроизводились в книгах, периодических изданиях – газетах и журналах ("Смена", "Комсомольская правда", "Ленинградская правда", "Правда" и других).
В 1968 г. он впервые выполнил свой первый экслибрис. Как художник-экслибрисист Махонин получил большую известность во всем мире. Его произведения участвовали во множестве выставок как крупных, так и небольших в нашей стране и за рубежом; они экспонировались на выставках во Франции, Голландии, Финляндии, Польше, Венгрии, Англии, Испании, Италии, Чехословакии, Индии и США. Махонинские экслибрисы хранятся во многих частных коллекциях и музеях; они многократно воспроизводились в журналах, газетах, книгах и каталогах.
Член Союза художников СССР с 1956 г., после 1991 г. – Всероссийской творческой общественной организации (ВТОО) "Союз художников России", член-корреспондент Петровской академии наук и искусств, участник многочисленных международных, всесоюзных и республиканских выставок.
Художник-график, член Союза художников РСФСР, член-корреспондент Петровской академии наук и искусств.